Η πύλη Πορτάρα, μέρος του ναού του Απόλλωνα, βρίσκεται στο νησάκι Παλάτια που ενώνεται με την πόλη με μία στενή λωρίδα γης. Ο ναός - που χρονολογείται στον 6ο αι. π.Χ. -άρχισε να χτίζεται από τον τύραννο Λύγδαμι, αλλά, με την πτώση της τυραννίας, έμεινε ημιτελής. Ο Λύγδαμις προσπαθούσε να συναγωνιστεί άλλους ιωνικούς ναούς της περιόδου (ναός του Ολυμπίου Διός από τον Πεισίστρατο στην Αθήνα και ναός της Ήρας από τον Πολυκράτη στη Σάμο).

Ο αρχαϊκός ναός ήταν ιωνικού ρυθμού με μήκος 59 μέτρα και πλάτος 28 μ. Η είσοδος ήταν από τη δυτική πλευρά, γεγονός ασυνήθιστο για τέτοιου τύπου ναούς. Από τη γεωμετρική εποχή υπήρχε στη θέση του ναού ένα υπαίθριο ιερό, απλό τέμενος με βωμό. Σήμερα, σώζονται μόνο τα θεμέλια, η βάση της Αγ. Τράπεζας και η τεράστια πύλη του ναού, γνωστή στους Ναξιώτες ως Πορτάρα, εξαιτίας του τεράστιου μεγέθους της (σχεδόν 6μ. ύψος και 3,5μ. πλάτος). Αποτελείται από τέσσερα κομμάτια μαρμάρου που ζυγίζουν δεκάδες τόνους – γεγονός που ανάγκασε τους Ενετούς να μην την χρησιμοποιήσουν στην κατασκευή του Κάστρου της Χώρας, όπως συνέβη με το υπόλοιπο του ναού.

Στο κατώφλι του ναού, μπροστά στην πύλη, υπήρχαν 4-5 σκαλοπάτια πάνω από το επίπεδο του δαπέδου, γεγονός που πιθανότατα σχετίζεται με την ιεροτελεστία του Δήλιου Απόλλωνα. Σύμφωνα με τη μυθολογία, ο Θησέας εγκατέλειψε την Αριάδνη στο νησάκι Παλάτια, από όπου την απήγαγε ο Διόνυσος με τους ακολούθους του. Ο μύθος αυτός ενέπνευσε καλλιτέχνες από όλον τον κόσμο (ζωγράφους, μουσικούς, γλύπτες), οι οποίοι με τα έργα τους έκαναν γνωστό το νησί παγκοσμίως. Εδώ γιορτάστηκαν και τα πρώτα «Διονύσια».

Το νησάκι Παλάτια χρησίμευε ως φρούριο απ’ όπου εφορμούσαν οι Ερυθραίοι και οι Μιλήσιοι, επίδοξοι κατακτητές της Νάξου. Σήμερα, οι άκρες των αρχαίων παραλίων έχουν καλυφθεί από τη θάλασσα, εξαιτίας της αύξησης της στάθμης της Μεσογείου. Συνεπώς, εικάζεται πως το νησάκι των Παλατιών ήταν ένας λόφος, χαμηλότερος από το «λόφο» του Κάστρου σε μια μεγάλη παραθαλάσσια πεδιάδα.

Ο ναός του Απόλλωνα, που μετατράπηκε σε χριστιανική εκκλησία στον τύπο της βασιλικής (στον 5ο ή 6ο αιώνα), λεηλατήθηκε κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας, οπότε και τα μάρμαρά του χρησιμοποιήθηκαν για την κατασκευή άλλων κτισμάτων. Γύρω από τη βασιλική εκκλησία αναπτύχθηκε σημαντικός οικισμός που επιβίωσε μέχρι τη φράγκικη κατάκτηση.

Αξίζει να επισκεφτεί κάποιος τα Παλάτια, προκειμένου να απαθανατίσει το μαγευτικό ηλιοβασίλεμα μέσα από την Πορτάρα που θεωρείται το «έμβλημα» του νησιού.