Τοποθεσία: Βρίσκεται στη Χώρα, στο νησάκι Παλάτια που ενώνεται με την πόλη με μία στενή λωρίδα γης.

Περιγραφή: Ο Ναός χρονολογείται τον 6ο αι. π.Χ. και άρχισε να χτίζεται από τον τύραννο Λύγδαμι, αλλά με την πτώση της τυραννίας έμεινε ημιτελής.   Ο Λύγδαμις προσπαθούσε να συναγωνιστεί άλλους ιωνικούς ναούς της περιόδου (Ναός του Ολυμπίου Διός από τον Πεισίστρατο στην Αθήνα και Ναός της Ήρας από τον Πολυκράτη στη Σάμο).

Ο αρχαϊκός ναός ήταν ιωνικού ρυθμού με μήκος 59μ., πλάτος 28μ. Η είσοδος ήταν από τη δυτική πλευρά, πράγμα που δεν συνηθιζόταν σε ναούς τέτοιου τύπου. Το μέρος  που διατηρείται μέχρι σήμερα, η Πορτάρα, είναι η πύλη που οδηγούσε από τον Πρόδρομο στο σηκό. Από την Γεωμετρική εποχή υπήρχε στη θέση του ναού ένα υπαίθριο ιερό, απλός τέμενος με βωμό. Σήμερα σώζονται μόνο τα θεμέλια, η βάση της Αγ. Τράπεζας και η τεράστια πύλη του Ναού, γνωστή στους Ναξιώτες ως Πορτάρα για το μεγάλο μέγεθός της (σχεδόν 6μ. ύψος και 3,5μ. πλάτος). Η πύλη αποτελείται από τέσσερα κομμάτια μαρμάρου που ζυγίζουν δεκάδες τόνους – γεγονός που ανάγκασε τους Ενετούς να μην τη χρησιμοποιήσουν στην κατασκευή του Κάστρου της Χώρας, όπως συνέβη με το υπόλοιπο του ναού.

Στο κατώφλι του Ναού μπροστά στην πύλη υπήρχαν  4-5 σκαλοπάτια πάνω από το επίπεδο του δαπέδου του ναού, γεγονός που πιθανόν σχετίζεται με κάποια λεπτομέρεια της ιεροτελεστίας για τη λατρεία του Δήλιου Απόλλωνα. 

Το νησάκι Παλάτια χρησίμευε ως φρούριο απ’ όπου εφορμούσαν οι Ερυθραίοι και οι Μιλήσιοι, επίδοξοι κατακτητές της Νάξου. Ο ναός, που μετατράπηκε σε χριστιανική εκκλησία στον τύπο της βασιλικής τον 5ο ή 6ο αιώνα, κυριολεκτικά λεηλατήθηκε κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας, οπότε και τα μάρμαρά του χρησιμοποιήθηκαν από τους Ενετούς για την κατασκευή διάφορων άλλων κτισμάτων. Γύρω από τη βασιλική εκκλησία αναπτύχθηκε σημαντικός οικισμός που επιβίωσε μέχρι την φραγκική κατάκτηση. Λόγω της αύξησης της στάθμης της Μεσογείου από την αρχαιότητα μέχρι σήμερα, οι άκρες των αρχαίων παραλίων έχουν καλυφθεί από τη θάλασσα. Από αυτό συμπεραίνεται ότι το νησάκι των Παλατιών ήταν ένας λόφος, χαμηλότερος από το «λόφο» του Κάστρου σε μια μεγάλη παραθαλάσσια πεδιάδα.

Στο νησάκι Παλάτια εγκατέλειψε ο Θησέας την Αριάδνη, σύμφωνα με την παράδοση. Από εδώ την απήγαγε μετά ο Διόνυσος με τους ακόλουθούς του. Ο μύθος αυτός ενέπνευσε καλλιτέχνες από όλον τον κόσμο (ζωγράφους, μουσικούς, γλύπτες) οι οποίοι με τα έργα τους αφιερωμένα στην ιστορία αυτή έκαναν γνωστό το νησί παγκοσμίως. Εδώ γιορτάστηκαν και τα πρώτα «Διονύσια».