Η μακρά ιστορική διαδρομή της Νάξου, από τη νεολιθική εποχή μέχρι σήμερα, επηρέασε ανάλογα και τις συνθήκες ζωής των φυτών και των ζώων που εμφανίστηκαν στο νησί. Η Νάξος - που κάποτε αποτελούσε μέρος μιας βυθισμένης, στη θάλασσα, αλυσίδας βουνών - παρουσιάζει αρκετά μεγάλη ποικιλία στα είδη του φυτικού και ζωικού βασιλείου, συνθέτοντας ένα εκπληκτικό φυσικό περιβάλλον.

Ο νησιωτικός χαρακτήρας της Νάξου και η παρουσία του ανθρώπου είχε ως άμεση συνέπεια τη σχετική προσαρμογή των ζώων στις εν λόγω συνθήκες. Ως εκ τούτου, τα μεγάλα θηλαστικά που κάποτε εμφανίστηκαν στο νησί, εξοντώθηκαν από τον άνθρωπο, ενώ, αντίθετα, εξαπλώθηκαν όσα προσέφεραν απλόχερα τις υπηρεσίες τους στο ανθρώπινο είδος (όπως οι κότες, τα πρόβατα, τα άλογα κ.α.). Σήμερα, στο Λιβάδι εκτρέφονται βοοειδή, ενώ στην ορεινή Νάξο πρόβατα και κατσίκια.

Λιγότερο επηρεάστηκαν τα φτερωτά είδη, ειδικά όσα είχαν τη δυνατότητα να βρουν κατάλληλες περιοχές για τη διαμονή και τη διατροφή τους. Ως αποτέλεσμα, πολλά είδη ερπετών, πτηνών και εντόμων απαντώνται στο νησί. Η παρουσία σαυρών και κουκουβαγιών είναι συχνή, ενώ σπανιότερα εμφανίζονται φίδια (δηλητηριώδεις μόνο οι οχιές). Στα βουνά υπάρχουν αρπακτικά (γυπαετοί, γεράκια κ.α.), ενώ χαμηλότερα ζουν κορυδαλλοί, σιταρήθρες και σουσουράδες.

Στην ενδοχώρα, είναι συχνή η παρουσία ειδών που προτιμούν οι μανιώδεις κυνηγοί, όπως ορτύκια, τρυγόνια, πέρδικες, μπεκάτσες, αγριοκούνελα και λαγοί. Εξάλλου, στη θαλάσσια περιοχή της Νάξου έχουν αναφερθεί πολλαπλές παρατηρήσεις της γνωστής μεσογειακής φώκιας Monachus-Monachus.

Στο νησί υπάρχουν ακόμα άγρια δέντρα, τα οποία έχουν γλιτώσει από την έντονη παρουσία του ανθρώπου και από την υπερεκμετάλλευση του εδάφους. Τα περισσότερα δέντρα και φυτά έχουν προσαρμοστεί στο ξερό μεσογειακό κλίμα, με την ελιά να είναι η πρωταγωνίστρια στο ναξιώτικο τοπίο.

Σε όλο το νησί υπάρχουν αμπέλια, ενώ στις κοιλάδες κυριαρχούν τα οπωροφόρα δέντρα. Η φημισμένη πατάτα της Νάξου καλλιεργείται κυρίως στο Λιβάδι. Στους υγρότοπους της Νάξου απαντώνται βούρλα και καλάμια, ενώ στις ορεινές περιοχές θάμνοι, πουρνάρια, βελανιδιές και πλατάνια. Έντονη είναι η παρουσία των αρωματικών φυτών και λουλουδιών (φασκόμηλο, θυμάρι, χαμομήλι, μέντα κ.α.), τα οποία χρησιμοποιούνται για μαγειρικούς και φαρμακευτικούς σκοπούς.


Προστασία & Οικολογία

Η Νάξος είναι ιδιαίτερα σημαντική περιοχή για τα πουλιά, καθώς αποτελεί μία κύρια μεταναστευτική οδό για πάνω από 130 είδη πτηνών. Ταυτόχρονα, το νησί θεωρείται άξιο προστασίας και ειδικής αντιμετώπισης, εξαιτίας της μεγάλης ποικιλότητας της χλωρίδας και της αφθονίας των ερπετών, των μαλακίων και των εδαφικών αρθρόποδων.

Ωστόσο, το έδαφος της Νάξου υπόκειται σε εξαντλητική βόσκηση - γεγονός που έχει αρνητικές επιπτώσεις στη χλωρίδα της περιοχής - ενώ στο νησί το κυνήγι πτηνών και μικρών ζώων είναι συνηθισμένο (κυρίως της πέρδικας και παλαιότερα του λαγού). Εξάλλου, η θαλάσσια περιοχή της Νάξου προσφέρεται για όλα τα είδη ψαρέματος (με το υποβρύχιο ψάρεμα τη νύχτα, με φιάλες οξυγόνου, να απαγορεύεται αυστηρά).

Πρόσφατα, δύο περιοχές του νησιού (η κεντρική-ορεινή-νότια παραλιακή ζώνη και ο υγρότοπος της Αλυκής Νάξου) κρίθηκαν ως τόποι ιδιαίτερης οικολογικής και κοινωνικής αξίας και εντάχθηκαν στο Ευρωπαϊκό Δίκτυο Φύση (Natura) 2000. Τέλος, οι βιότοποι του Ζα και της Κορώνου έχουν καταγραφτεί στη λίστα Corine, ως περιοχές ιδιαίτερης οικολογικής σημασίας.