Στο Φιλότι, πάνω σε έναν απότομο βράχο, στέκεται το βυζαντινό ξωκλήσι του Άι Γιάννη του Προδρόμου. Η Παναγιά στ’ Αριά - που σύμφωνα με την παράδοση, καταστράφηκε από πειρατές - αποτελεί μία πολύ σημαντική εκκλησία της περιοχής (μονόχωρος τρουλαίος ναός, με αξιοσημείωτη ζωγραφική διακόσμηση, του 13ου-14ου αι.) Στο Φιλότι βρίσκονται ακόμα η Παναγία η Αρλιώτισσα, οι Αγ. Πολύκαρπος & Αγ. Θεός (Θεολόγος) στο πίσω μέρος του Ζα και ο Αγ. Γεώργιος στο Φύοντα. Στο έρημο πλέον χωριό Ατσιπάπη βρίσκεται η Παναγιά της Κεράς, (7ου αι.). 

Στην Απείρανθο υπάρχει ο Αγ. Γεώργιος, ο Αγ. Παχώμιος, ο Ανώνυμος Σταυρικός Ναός Απειράνθου και ο Αγ. Δημήτριος (εικονομαχικές εκκλησίες). Ο Αγ. Αντώνιος ήταν άλλοτε εκκλησία του φράγκικου πύργου Σομαρίπα. Στην ευρύτερη περιοχή βρίσκονται βασιλικές εκκλησίες, με αξιόλογες τοιχογραφίες: ο Αγ. Μηνάς, Βίκτωρ και Βικέντιος (Θεοτόκος) με χρονολογημένη επιγραφή του 1821. Προς τα βόρεια, υπάρχει η εκκλησία του Αγ. Ιωάννη του Θεολόγου. Στο δρόμο προς Κόρωνο λειτουργεί η εκκλησία του Σταυρού Κεραμωτής.

Στα χωριά της Τραγέας, ο επισκέπτης συναντά μεγάλο αριθμό βυζαντινών εκκλησιών (με εικόνες του 11ου και 12ου αιώνα και τοιχογραφίες από την εποχή της εικονομαχίας). Από τις σημαντικότερες είναι ο Αγ. Κωνσταντίνος στη Βουρβουριά (του 13ου αι.) και οι εικονομαχικές εκκλησίες του Αγ. Γεώργιου και του Αγ. Ιωάννη του Θεολόγου (13ου αι.), με ενδιαφέρουσες τοιχογραφίες στον Καλόξυλο. Μην παραλείψετε να επισκεφθείτε στο Μετόχι τη βυζαντινή εκκλησία των Αγ. Αποστόλων (από τις παλαιότερες και πιο αξιόλογες για την αρχιτεκτονική της), τον Αγ. Στέφανο στο Τσικαλαριό (με τοιχογραφίες 13ου και 14ου αι.) και την Παναγία τη Ραχιδιώτισσα. Στο κέντρο του Δαμαριώνα, βρίσκεται η παλαιά εκκλησία του Χριστού (με γλυπτό ξύλινο τέμπλο). 

Στο Σαγκρί βρίσκεται ο Αγ. Νικόλαος (μονόχωρη εκκλησία με τρούλο και ζωγραφική του 13ου αι.) και ο Αγ. Ελευθέριος (από τα παλαιότερα μοναστήρια, λειτούργησε ως σχολείο κατά την τουρκοκρατία). Στη θέση Γύρουλα, όπου βρίσκεται ο αρχαίος ναός της Δήμητρας, υπάρχει το ξωκλήσι του Αγ. Ιωάννη. Εδώ, το 1815 ο ηγούμενος Καλλίνικος ίδρυσε σχολείο. Στον Πύργο Παλαιολόγου βρίσκεται το ξωκλήσι η Παναγία του Πύργου.

Στο δρόμο από Σαγκρί προς Αγιασσό υπάρχουν ακόμα δύο βυζαντινές εκκλησίες, η Παναγία η Αρκουλιώτισσα (ή Αρκουλού) και ο Αγ. Γεώργιος Λαθρήνου (εικονομαχική εκκλησία). Υποστηρίζεται ότι αυτή η περιοχή ήταν η πολιτική και εκκλησιαστική έδρα των Βυζαντινών. Κάτω από το Κάστρο τ’ Απαλίρου, υπάρχει ο Αγ. Ιωάννης ο Θεολόγος στ’ Αδησαρού (μονόχωρη, καμαροσκέπαστη με τρούλο εκκλησία της εικονομαχίας, με ανεικονική διακόσμηση). Ξεχωρίζει η ημικυκλική της αψίδα. Επιπλέον, υπάρχει ο Αγ. Ιωάννης στου Μπαούζη και η Παναγία του Αρχατού. Σύμφωνα με την παράδοση, αυτή η εκκλησία είναι η «Παναγία των Αρχόντων» (τρουλαίος ναός, τύπου ελεύθερου σταυρού, με χρονολογημένη επιγραφή του 1286 και τοιχογραφίες του 11ου, 12ου και 13ου αι.). 

Κοντά στην παραλία στην Αγιασσό υπάρχει η Παναγία στης Γιαλλούς (τέλη 13ου αι.), μονόχωρος ναΐσκος της Παναγίας, με τρούλο χαμηλό και κωνικού σχήματος εξωτερικά και αξιόλογες τοιχογραφίες. Η εκκλησία κοσμείται από δείγματα βυζαντινής τέχνης. Κοντά στο Δανακό υπάρχει το ξωκλήσι της Αγ. Μαρίνας (χτισμένο πάνω σε τρίστρατο).  

Στο Γαλανάδο βρίσκεται το ξωκλήσι του Αγ. Γεωργίου και ο Αγ. Ιωάννης στον Πύργο του Μπελόνια (εκκλησάκι που χρησιμοποιούνταν και από ορθόδοξους και από καθολικούς). Στο Γλινάδο, βρίσκεται η εκκλησία του Αγ. Νικόδημου (προστάτη της Νάξου), στους Τρίποδες (Βίβλος) η εκκλησία της Παναγίας (με παλιό ξυλόγλυπτο τέμπλο και σπάνιες εικόνες) και στον Αγ. Αρσένιο οι εκκλησίες του Αγ. Σπυρίδωνα και του Αγ. Νικολάου.

Γύρω από τον Αγ. Αρσένιο, υπάρχουν διάσπαρτα πολλά ξωκλήσια και το μοναστήρι του Αγ. Ιωάννη. Στις Μέλανες υπάρχει ο Άι Γιώργης με αξιόλογες τοιχογραφίες. Στην Άνω Ποταμιά, στην πλατεία Πηγής, βρίσκεται η εκκλησία του Αγ. Ιωάννη. Ανεβαίνοντας στο Ζα, υπάρχει το ξωκλήσι Άι Γιάννης στα Φινέλια.

Πολύ κοντά στη Χώρα βρίσκεται το γυναικείο μοναστήρι του Αγ. Χρυσοστόμου (17ου αι.), το οποίο είχε φρουριακό χαρακτήρα. Το μοναστήρι πήρε τη σημερινή του μορφή στα χρόνια του Μητροπολίτη Άνθιμου (1749-1789), ενώ η εικόνα του Αγ. Ιωάννη του Χρυσοστόμου χρονολογείται από το 1818. Δίπλα βρίσκεται το ξωκλήσι - σπήλαιο Θεαλογάκι, στην πλαγιά του Χρυσοστόμου. Στην Γκρότα υπάρχουν δύο μοναστήρια, η Αγ. Παρασκευή και ο Αγ. Γεώργιος που λειτούργησαν και ως σχολεία κατά την τουρκοκρατία.  

Άλλες εικονομαχικές εκκλησίες στη Νάξο: Αγ. Ιωάννης Χρυσόστομος Καλορίτσας, Αγ. Ιωάννης ο Θεολόγος Δανακού, Αγ. Κυριακή Κεχρών. Ενδείξεις υπάρχουν και στις εκκλησίες Μοναστηριώτισσα Εγγαρών και Αγ. Γεώργιο Ροπικής.